20世纪50年代，全国高校院系调整。1956年，云南大学医学院从云南大学划离，并独立建院为“昆明医学院”（即现在的昆明医科大学）。近年来，云南大学确定了“把云南大学办成西部一流、国内先进、国际知名的高水平研究教学型综合大学，综合实力进入全国高校50强”的发展目标。但由于历史原因造成的我校工、农、医等一些极具发展前景与价值的学科较为薄弱的学科结构局限，一定程度上制约了学校整体实力的提升。根据我省经济产业发展的需要，结合云南大学的发展实际，学校审时度势，确定了“巩固文理，完善管理，发展工科，拓展医农”的学科发展思路，于2011年11月正式恢复重建云南大学医学院。
云南大学医学院恢复建院后，在学校领导、各相关学院部门的大力支持和帮助下，根据国家及云南省医学产业发展的战略部署，围绕学校既定的发展目标，结合当前全省乃至全国医学学科的发展现状，努力致力于医学学科的重建、发展，获得“医学遗传学”博士学位授权点1个，“医学遗传学”硕士学位授权点1个；获得“云南大学人类复杂疾病基因研究”云南省省级创新团队建设项目1项；获得2012年度“云南省自然科学一等奖”1项；通过“云南省高端科技人才引进计划”引进高端人才1名。
云南大学医学院是新建学院，良好的开局激励她向着提升云南大学学科建设水平、推进地方经济社会发展做出更大贡献的方向迈进。